教育部在《意见》中提出自主选拔录取主要招收“具有学科特长和创新潜质的优秀学生”。但一位常年负责高三教学的把关教师说：“本来以为自主招生主要是选拔特长突出的学生，但班里被选拔进去的依旧是那些所谓‘品学兼优’的传统好学生。”
相对来说，清华大学三年前推出的“拔尖计划”显示出了向具备单方面专长考生倾斜的趋向——最突出的特征是，获得该计划认定的考生在自主招生笔试中的分数单独划线。其认定的学生，都在某一领域确有卓越表现。但从整体上看，今年清华大学“拔尖计划”认定并进入复试的考生只有27名，在800余名进入复试的考生中依然少得可怜。《意见》中提出的“凡能提供确有某方面特长或创新潜质证明材料的考生，试点高校应允许其直接进入学校考核面试环节，不需要参加学校笔试”，这种情况，在实际招生中极其少见。
困惑2 考全科还是考部分
尽管教育部要求压缩自主招生笔试科目，但由于官方并没有认定压缩的对象是考试内容的“科目”还是考试数量的“科目”，实际上也为高校留了一定空间。今年，虽然三大联盟均采取考试科目简化为两科的方式，但作为独立实施自主招生考试的高校，复旦大学依旧采取了考查全科的“千分考”，十个学科内容均汇集其中。复旦大学招生办主任丁光宏认为其千分考形式符合其培养理念——致力于培养各行各业领袖人才，因此希望考生在中学能够把知识掌握得全面、扎实。南开大学所设置的文科基础与理科基础两项考试，也分别包含了文理科各科目的内容。
三大联盟的考试瘦身，也在高中出现了争议。新华中学特长级部(由三个年级的理科特长班组成)主任赵焱就觉得今年自主招生笔试结果存在相当的“偶然性”。她认为这与单考数学、物理两科关系很大，因为在正常的教学中，评价的是全科，到了自主招生中只评价其中两科。这对于化学、生物学科优秀的学生来讲就显得不公。记者在采访中也听到文科考生反映：“为什么理科考试有物理，而文科考试史地政，都不考?”还有的考生则不认为减少考试科目就能 “减负”，“因为高考的原因，我们肯定要全面备考，所以自主招生时考全科还是考单科，我们所需要承担的负担实际上并无太大差别。”
困惑3 重笔试还是重面试
尽管《意见》提出，注重以面试为主考查学生的素质和能力。而各高校也在招生简章中提高面试的占比、重申对面试的强化和重视。但记者通过实际采访了解到，对于大多自主招生高校来说，面试往往更多是在决定考生获得自主招生资格后加分层级，决定考生能否通过自主招生认定的依然是笔试。“因为通过面试判断考生素质和能力，并实现区分度的难度的确很大。”一位参加某知名高校面试的考官向记者透露，“比如，在我所面试的十余位考生中，既没有表现特别优秀的，也没有表现非常不好的，水平大多旗鼓相当。”而从历年各名校的面试题也可以看出，许多是属于“仁者见仁，智者见智”的题目，要用分值评判这些题目的答案，加上评委的个人因素，结果也很难公允。像天津大学及部分“卓越”联盟的高校今年就并未在复试环节实行面试。所以，至少在当前笔试成绩优秀仍是自主招生选拔最关键的条件。
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