学校目前有临港新城校区、杨浦区军工路校区、杨浦区民星路校区三个校区，根据上海高校布局结构调整规划，学校于2008年主体搬迁至上海临港新城办学，学校占地面积约1600余亩，规划建设面积58.6万平方米。并在上海市浦东新区和浙江省象山市建有2个科研教学基地。
学校办学条件优良，教学实验室和专业实验室设施齐备。拥有教育部水产种质资源创新与利用重点实验室、大洋渔业资源可持续开发省部共建教育部重点实验室、农业部水产种质资源与利用重点开放实验室、农业部渔业动植物病源库和鱼类营养与环境生态研究中心、农业部中国渔业发展战略研究中心、农业部冷库及制冷设备质量监督检验检测中心、农业部远洋渔业培训中心;拥有上海市水产养殖工程技术研究中心和上海市高校水产养殖E-研究院、大洋生物资源开发和利用上海市高校重点实验室、水域环境生态上海高校工程研究中心等;建设了一批特色专业实验室，如中美(SHOU-NOAA)海洋遥感及渔业信息研究中心、淡水渔加工利用研究室等;学校建有上海海洋大学海洋科学研究院，下设数字海洋研究生所、海洋药物系统及神经科学研究所、海洋药物与健康食品研究所、海洋政策与法律研研究所，海洋渔业遥感GIS技术实验室、海洋生态系统与环境实验室、中美海洋遥感及渔业信息研究中心、海洋经济研究中心、海洋文化研究中心;学校还建有农业研究院、公共管理研究所、中国鱼文化研究所、外国语言研究所及中国鱼文化博物馆，拥有国内外闻名的鱼类研究室、标本室和亚洲最大的专业鲸馆，同时学校在全国各地有50多个教学实践基地。图书馆藏有以水产、海洋、食品为特色的图书、电子书籍260多万册。拥有现代化的校园网络，并建设了为我国水产行业服务的“中国水产网”网站平台。由学校承办的《水产学报》、主办的《上海海洋大学学报》被列为中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国科技论文统计源期刊，《水产学报》获第一、二届“百种中国杰出学术期刊”称号。学校是上海市水产学会、上海市食品学会、上海市渔业经济研究会和上海市延安精神研究会挂靠单位。
学校教育体系完备，优势学科明显。拥有研究生教育、普通本专科教育、成人教育及留学生教育。拥有2个博士后科研流动站，13个一级学科博士学位授权点，7个二级学科博士学位授权点，28个一级学科硕士学位授权点，23个二级学科硕士学位授权点，2个专业学位8个领域授权点，46个本科专业及方向，10个高职专业。现有1个国家级重点学科，12个省、部级重点学科，5个国家特色专业，3门国家级精品课程，14门上海市精品课程，1个国家级教学团队，2个上海市教学团队，15个上海市教育高地和1个上海市高校E研究院。目前，拥有普通本专科生12000余人，研究生近1800人。
学校现有教职工1000余名，其中教学科研人员近800名，具有高级专业技术职务400余名，博士生、硕士生导师300余名。学校拥有双聘院士2名，拥有以国家科技进步奖获得者、国务院学位委员会学科评议组成员、国家百千万人才工程入选者、国家级有突出贡献中青年专家、上海市首批优秀学科带头人、上海领军人才、上海高校东方学者特聘教授、上海市教学名师以及中青年教授为骨干的师资队伍。
“十一五”以来，学校科技成果达到国际领先和先进水平的有50余项，国内首创和先进水平有90余项，获国家级科研项目或成果奖40多项，获省部级奖50多项，取得专利30多项。我校在环境保护、物种保护、遗传育种、食品加工、海洋资源开发与利用、水产养殖、农业经济与管理等领域作出了重大贡献。
学校校园文化丰富多彩，聘请了著名表演艺术家秦怡、闵惠芬，指挥家曹丁，作曲家陈钢等一批艺术家为我校艺术兼职教授;拥有大学生艺术团等各类文体、科技学生社团90余个;定期举办大学生科技文化艺术节，连续多年被中宣部、教育部、团中央、全国学联评为“大学生暑期社会实践先进单位”。
新时期的学校办学目标：到2020年，把学校建设成为一所海洋、水产、食品等学科优势明显，理、工、农、经、文、管、法等多学科协调发展，教学科研并重，国际化、开放型的高水平特色大学。
临港新校区：上海市临港新城沪城环路999号邮政编码201306
电话：021-61900296
军工路校区：上海市杨浦区军工路318号邮编：200090
民星路校区：上海市杨浦区民星路435号邮编：200433
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