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教育部学位中心授权发布2012年学科评估结果，其中系统科学，本一级学科中，全国具有“博士一级”授权的高校共3所 ，本次有2所参评;还有部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估; 参评高校共计7所。 注：以下相同得分按学校代码顺序排列。以下是在系统科学领域排名前10名的高校。
| 学校代码及名称 | 学科整体水平得分 |
| 10004 北京交通大学 | 92 |
| 10027 北京师范大学 | 81 |
| 90002 国防科学技术大学 | 78 |
| 10252 上海理工大学 | 77 |
| 11065 青岛大学 | |
| 10280 上海大学 | 65 |
| 10217 哈尔滨工程大学 | 64 |
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