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海洋环境与生态教育部重点实验室源于1994年成立的海洋生态系统动力学山东省重点实验室。于2002年1月获教育部批准立项，开始启动部属重点实验室建设。实验室坚持“边建设、边研究、边开放”的原则，在体系建设、能力建设和人才队伍建设等方面取得了明显实效。2007年1月，实验室顺利通过教育部组织的专家验收并正式运行。实验室依托单位为中国海洋大学环境科学与工程学院，该学院学科优势突出，具有以环境科学、环境工程、环境规划与管理等学科为支撑的人才培养与科学研究体系。现设有环境科学与工程博士学位授予权一级学科和博士后流动站；环境科学、环境工程、环境规划与管理三个博士点；环境科学、环境工程、环境规划与管理三个硕士点。其中，环境科学为国家重点学科，环境工程为山东省重点学科；环境科学与工程一级学科在2009年全国学科评估中名列第九位。
基于依托单位的海洋研究特色和学科交叉优势，实验室围绕国家海洋环境领域的重大战略需求，瞄准重要的区域性、全球性环境问题，积极开展与经济社会可持续发展密切相关的基础性、前沿性和战略性科技创新研究。近年来，实验室以海湾与近海环境动力过程及其与生态系统的相互作用为主攻方向，开展海湾与近海环境污染的动力过程、生态效应、监测与控制等方面的基础研究和技术开发，并取得了一系列重要研究成果。实验室建设成效和科技创新贡献显着，正稳步发展成为国内海洋环境与生态领域科技创新和高层次人才培养的重要基地。
实验室目前主要研究方向包括海湾与近海环境动力过程及其对生态系统的影响、近海典型污染物的环境行为及控制和海岸带工程环境与水资源保护。实验室除具有海洋特色显着的且多学科交叉的研究优势外，还具有两大优势：其一是将流域、海岸带、近海作为一个整体研究，注重宏观过程和微观机理相结合、基础理论研究与应用技术开发相衔接，为综合解决海湾与近海的环境问题提供了科学基础，在海湾水动力过程与环境容量研究方面形成了优势；其二是注重国际计划与国内研究的结合，在海-气、陆-海物质交换的研究方面与国际SOLAS计划与LOICZ计划相衔接，并发展了亚洲沙尘、高浊度河流影响的特色研究。
实验室现有固定研究人员总数为42人。其中，院士1人、教授17人、副教授18人；“长江学者”讲座教授2人，获“教育部新世纪优秀人才支持计划”资助2人；90％的研究人员具有博士学位；45岁以下学术带头人及学术骨干占总数的70%。另有流动人员15人。实验室已形成一支由院士领衔、博导与教授为学术带头人、中青年教师为骨干的科技创新团队。
通过多年的持续投入和强化建设，实验室现有面积3200平方米，仪器设备总价值2300余万元，支撑主要研究方向的分析测试、现场监测、模拟与工程试验、环境数值模拟与分析4个实验功能平台已初步搭建，实验室科研支撑体系一直处于不断完善、拓展和优化的良性态势。
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