京都大学是继东京大学之后成立的日本第二所国立大学。1892年，23位国会议员在向国会提出的一个议案中提出，日本仅有一所东京国立大学，缺乏竞争，对办学和学生的培养都不利，建议在当时的西京-京都建一所大学，1897年议案被通过，大学得以诞生，当时定名为京都帝国大学。
专业设置
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研究科
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专业设置（修士课程）
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文学研究科
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文献文化学、思想文化学、历史文化学、行动文化学、现代文化学
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教育学研究科
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教育科学、临床教育学
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法学研究科
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法政理论
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经济学研究科
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经济系统分析、经济动态分析、现代经济·经营分析
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理学系研究科
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数学·数理解析、物理学·宇宙物理学、地球行星科学、化学、生物科学
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医学研究科
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医科学、人类健康科学
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药学研究科
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创药科学、生命药科学、医疗药科学、医药创成信息科学
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工学研究科
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社会基础科学、都市社会工学、都市环境工学、建筑学、机械理工学、微机工程、航空宇宙工学、原子核工学、材料工学、电气工学、电子工学、材料化学、物质能源化学、分子工学、高分子化学、合成·生物化学、化学工学
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农学研究科
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农学、森林科学、应用生命科学、应用生物科学、地域环境科学、生物资源经济学、食品生物科学
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人类·环境学研究科
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共生人类学、共生文明学、相关环境学
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能源科学研究科
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能源社会·环境科学、能源基础科学、能源变化科学、能源应用科学
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亚非区域研究研究科
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东南亚地域研究、非洲地域研究
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信息学研究
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智能信息学、社会信息学、复杂系科学、数理工学、系统科学、通信信息系统
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生命科学研究科
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统合生命科学、高等生命科学
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地球环境学舍
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环境管理
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