日本留学本科申请研究生的第一个方法就是申请语言学校;这类申请，比较适合的人群是：没有日语基础或者日语学习时间较短的留学生。此类方法的好处是申请者的日语学习会变得非常的系统，无论是语法、写作、口语等各方面都会有一个非常扎实的根基。
这会对你的留学本科申请打下一个良好的基础。当然缺点就是对学生专业课方面无法提供指导，实验的器材、专业的书籍等都完全无法提供。一些日本大学排名较高的好学校是十分注重专业课成绩的。另外，有些语言学校，会针对本科的毕业生推出了在大学院升学的专项指导班，提供的往往是一些最基本的材料、技巧及日语方面的辅导。
另外，因为语言学校的时间比较短暂，这样申请者可以自由支配时间就相对比较多，这就可以用于自己专业的学习及打工时间会比较充裕一些。因为进入日本的大学院以后，留学生会与日本人一起上课，对日语的要求极高，所以，对自己的日语没有足够的信心的学生，最好就是选择此类途径去日本留学本科申请。
日本留学本科申请研究生的第二个方法就是直接申请大学院;这类项目在中国招生的学校大部分都不是日本排名靠前的大学，包括一些与国内的大学的所谓合作学校。这些学校产生的原因正是因为在日本本国国内的招生遇到了很大的困难，所以才对中国的学生开放了大学院申请。而且一般要求学生有日语的一级能力证书或者具备日语的一级水平才可以进行申请。
另外，国立大学也有极个别案例是允许学生自行到日本参加大学院的考试的，并不需要“研究生”的过渡，申请者的成绩有几率直接录取的。但是需要注意的是，他要求学生申请旅游签证，去日本参加考试，签证风险系数极高，所以建议一定要慎重。
日本留学本科申请研究生的第三个方法就是申请日本国公立大学“研究生”;适合的群体是：具备一定的日语能力或英语的能力，在日本能够直接得到专业课的辅导的学生。优点是：为留学生提供了一个直接进入名牌国立大学的最好契机，可以使用国立大学先进的硬件设施;还有得到大学院入学考试在专业的方面的重要的资料及指导。缺点是：没法提供日语系统的学习和训练。
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