圣玛格丽特学院提供两种课程途径，帮助学生打成学术优良目标：
1. 国际教育成就证书(NCEA)KECHENG。
2. 国际高中文凭(IB)课程。
某些挑选合格的学生于10年纪便可开始接受朝此两途径发展的延伸(资优)课程，学习NCEA第一级科学/数学/音乐。
这些于11年级则进级为：
第1级物理与/或化学
第2级数学
第2级音乐
所有的学生则都学习6想第一级课程。
学生于12年级选择参加第2级NCEA或第1年IB课程.
10年级与11年轻农机所提供的科学延伸(资优)课程帮助学生彻底打好基础，准备应付第2级科学或IB科学课程的挑战。
13年级起，数学延伸(资优)课程则进一步增强学生实力以应付严苛的IB数学(特别是较高程度课程)以及NCEA微积分或统计与建模奖学金考试，还有第1级大学课程。
所有学生则都学习6项第2级NCEA课程或6项IB课程。
英语延伸(资优)课程
课程由9年级持续至13年级。
NCEA组的学生可参加英语奖学金考试。
IB课程组的学生可参加SL(标准程度)或HL(高级程度)英语考试，假如愿意的话，也可参加NCEA奖学金考试。
学术奖
各种程度学术奖章(绿色代表尽力，红色代表成就)。
引领带颁给NCEA 第1或第2级考试成绩评定优异学生。
学术(红)外套颁给9至13级学术成就杰出学生。
学术竞赛
本校鼓励各种程度的学生参加校外竞赛，例如科学展、数学、ICAS比赛(国际联校学科评估及比赛)、语言比赛等。
全国或国际程度表现优异学生将因其杰出成就(因代表纽西兰)而获颁红玫瑰以示表扬。
奖学金
本校鼓励所有13级学生向纽西兰国内及海外大学、其他机构以及各项企业申请奖学金。
后设认知
本校透过一下方式鼓励学生思考意识：
未来问题解决——10年级以下
心智习性——全校1至13年级
IB学习者培养目标——全校1至13年级
