1993年5月18日，马德里大学在贝尔纳多礼堂举行建校700周年纪念大会。庆典由西班牙国王胡安·卡洛斯和王后索菲娅主持。有600多人出席校庆盛典，其中包括政治、军事、宗教、法律、银行、文化各界代表人士，国内外一些大学校长，马德里大学的领导和师生代表，还有西班牙教育部长和马德里市长。国王在开幕词中强调马德里大学超越国境发展着与外界的文化关系，从一开始就成为欧洲精神文明的支柱。
马德里大学的历史可以上溯到1293年。现有学生13万，居世界第3位。那年5月20日，西班牙国王桑丘四世签发御旨，下令在阿尔卡拉·德·埃尔纳内斯(古时叫做贡布鲁登塞)建立一所综合学校，教授希伯来语、数学、音乐，后来又增设伦理、物理、神学、教义、圣经、修辞等课程。这所综合学校便是马德里大学的起源。
15世纪末，西斯尼罗斯主教在综合学校的基础上创办贡布鲁登塞大学(又名阿尔卡拉大学)，并且开始兴建贡布鲁登塞大学的圣·伊尔德丰索学院.1508年，圣·伊尔德丰索学院落成，师生上街举行宗教游行，以示庆祝。有500多名年轻人跟在队伍后面，表示出入学的愿望。贡布鲁登塞大学当时设有4个系：神学、艺术、医学和教义学。在其后近三个世纪中，贡布鲁登塞大学声名远播，这与西班牙的兴起也有着密切的关系。著名作家弗莱·路易斯·德莱翁、弗朗西斯哥·德盖维，戏剧家罗佩·德维加，诗人铁尔索·德·莫利拉都在该校学习过。塞万提斯在《堂吉诃德》第31章中也描述了该大学学生贫困的学习生活。贡布鲁登塞大学成立后，成了西班牙许多后起大学的楷模。
贡布鲁登塞大学在17世纪末开始走下坡路，原因是多方面的。最主要的原因是学校被神学束缚，不开设新的学科，尤其是自然科学。而另一所学校马德里皇家学校思想开放，顺应历史潮流，对贡布鲁登塞大学造成了压力。贡布鲁登塞大学的学生数锐减，有水平的教师也纷纷离去。1821年，西班牙决定在首都成立中央大学，这更是对贡布鲁登塞大学的打击。其实，这三所学校都是后来马德里大学的基础。第二个原因是贵族富家子弟大量充斥学校，他们缺少贫家子弟艰苦朴素、用功好学的作风。另一个原因是政府下令贡布鲁登塞大学与圣·伊尔德丰索学院分家。圣·伊尔德丰索是最早建立的学院，经济实力较强，实际上是贡布鲁登塞大学的主体，这样，贡布鲁登塞大学更加陷入了困境。
1836年，皇家颁布法令，贡布鲁登塞大学迁往马德里，被称为阿尔卡拉大学或马德里大学。1850年，新的教育改革法规定在马德里只设立一所大学，命名为中央大学;在地方设立9所大学，但只有中央大学可开设博士班。于是马德里大学、皇家学校、中央大学正式合并，命名为中央大学，习惯上亦称“马德里大学”。
焕然一新的马德里大学发展迅速，而校舍分散在马德里旧城的各处，十分简陋，水电供暖条件都很差。在这种情况下，国王阿尔索十三世决定大力改善大学的办学条件。1928年，皇家法令确定，将蒙克洛亚庄园改建为大学城，面积为360公顷。为了兴建大学城，阿尔索十三世还专程到美国斯坦福大学、哈佛大学、林肯大学和加拿大的蒙特利尔大学参观访问。经历了西班牙内战，到本世纪40年代末，大学城已基本建成。
马德里大学现有学生13万人，教职员工8000余人，其中教师5300余人。其学生人数、教师人数以及专业设置方面均名列全国大学榜首。学生人数之多居世界第3位。马德里大学共有20个系：哲学、教育、心理学、语言文学、地理历史、化学、物理、数学、生物、地质、医学、医药学、兽医学、牙医学、法律、政治与社会学、经济与企业管理、新闻学、美术、计算机信息学等。本科学制5年，医科6年。 前三年主要是基础及共同科目，后两年则是专业科目。学校还附设教育学院、社会学院、统计学校等院校。
西班牙王室与马德里大学的关系密切。1975年登基的国王胡安·卡洛斯，曾于1961年入马德里大学法律系学习。1986年6月2日，马德里大学为国王和他所在的班级举行了入学25周年的庆祝活动，国王在索菲娅王后的陪同下，出席了庆祝会，并在发言中说，他和同学们在马德里大学不但学到了知识，而且树立了如何把祖国西班牙建设好的理想。1984年，马德里大学授予胡安·卡洛斯一世法律名誉博士学位，在建校700周年庆典上，又授予国王金质纪念章。继胡安·卡洛斯国王之后，两位公主都在马德里大学学习。艾莲娜公主1985年毕业于教育系，克里斯蒂娜公主1989年毕业于政治系。国王胡安·卡洛斯一世的祖父阿尔索十三世也对马德里大学十分关心和支持，是他把蒙科洛亚庄园捐赠出来兴建大学城。兴建大学城时，阿尔索十三世多次亲自架车前往视察工地。马德里大学为了永远纪念他，在校园里树立了他的铜像。
马德里大学拥有一流的师资队伍。皇家学院院长弗尔南多·拉萨罗·卡雷特尔、前院长彼得罗·拉因·恩特拉尔戈，诺贝尔医学奖获得者维罗·欧丘阿都在马德里大学任教。而诺贝尔医学奖得主拉蒙·伊·卡哈尔。诺贝尔文学奖得主塞拉·阿美利科·卡斯特罗，还有西班牙一些大学的领导人、名教授以及政界要人，都毕业于马德里大学。