美因茨大学的研究中心主要在材料科学，核和粒子物理和核化学中的科学，免疫学和肿瘤学医学和文化研究和媒介研究中的人文科学和社会科学等。并且在校园里还有专门进行化学研究的马克斯普朗克研究所和进行高分子研究马克斯普朗克研究所，这些研究所都与该大学有着密切的合作。
学院设置
天主教神学系; 基督教神学系; 法律与经济系;医学系;哲学与教育学系;社会科学系;语言学1系;语言学2系;语言学3系;历史系;数学系;物理系;化学与药学系;生物学系;地球科学系;应用语言学系;美术系;音乐系;体育训练系专业设置旧约全书， 道德神学， 新约全书基础神学与宗教知识， 教义学， 系统神学， 实用神学， 经济学， 犯罪学， 刑法， 工商管理， 统计学， 公法， 民法， 商法， 外国私法， 国际私法， 比较法， 经济学与财政， 泌尿学， 生理化学， 生理学， 儿科学， 精神病学， 皮肤病学， 性病学， 卫生学与细菌学， 麻醉学， 外科学， 耳鼻喉科学， 口腔外科学， 放射学与核医学， 法医学， 内科学， 医学微生物学， 产科学与妇科学， 病理学， 神经病理学， 矫形学， 神经病学， 心理学， 药理学与毒理学， 解剖学， 眼科学， 临床化学， 免疫学， 卫生学， 医学物理， 特殊教育， 哲学， 新闻学， 社会学， 大众传播， 德语， 现代德国文学， 比较研究， 德国语文学， 德人种学， 英美语文学， 美国英语语文学， 英语语文学， 英语语言学， 普通语言学， 法国文学， 艺术史， 古典语文学， 印度研究， 罗曼语语文学， 埃及研究， 伊斯兰语文学， 基督教考古学。