理学系综合学科也就是理学所有综合学科的总称。它是用理学的最先端的手法，针对环境、情报、物理、生命、系统科学等方面进行实践研究的一门综合性学科。理学系综合学科的基础课程主要设置在数学、物理学、化学、生物学和地学五大方面。不仅学习这几大学科的基础理论课程之外，还培养学生的应用实践技术。日本大学的理学综合学科的专业科目涉及非常广泛，学习各类学科的最先端的技术课程是它的主要特色。因这门学科需要学生进行专门的试验和数据分析研究，所以学生要经常出入学校的研究室，学习实验机械的使用和最先进的研究技法。学科设置主要有环境学科、环境资源学科、生命环境学科、物质生命理工学科等。
日本大学中理科比较有名的大学有:
1 东京大学\UniversityofTokyo 东京都
2 京都大学\KyotoUniversity 京都府
3 东北大学\NortheasternUniversity 麻萨诸塞州
4 北海道大学\HokkaidoUniversity 北海道
5 东京工业大学\TokyoInstituteofTechnology 东京都
6 名古屋大学\NagoyaUniversity 爱知县
7 日本九州大学\kyushuuniversity 大分县
8 大阪大学\OsakaUniversity 大阪府
9筑波大学\TsukubaUniversity东京都
10庆应义塾大学\KeioUniversity(InternationalCenterJapaneseLanguageCourse)