教育部将根据学生的小学离校会考成绩，分配学生进入不同的学校，选修不同的课程。学生升上中学后，必须接受4~5年的中学教育。中学课程分为普通、快捷或特别课程。能力较强的学生修读快捷或特别班，经过4年的课程后可参加剑桥普通水准会考(GCE‘O’Level)。不同之处在于特选课程为有学术能力的语言才能的学生提供同时学习具有高级水平的英语与母语的教育。
学习成绩较弱的学生则修读5年普通班，而普通课程又分为普通(学术)或(工艺)课程两种。在中学就读4年后就可参加剑桥初级水准会考(GCE‘N’Level)，如果通过考试，学生可以在中学第5年参加剑桥普通水准会考。
中学生必须修读的主要科目除了英文和母语之外，有数学、科学、人文、美术、技术、家政、体育、音乐及公民教育等科目。中学2年级末，学校将根据学生的成绩、学生的选择以及学校的课程设置分配中学3、4年级的科系。这些选修课程有文科、理科、商科和工艺科。中学生也要参与课程辅助活动让学校生活更多姿多彩。课外活动成绩还能在申请进入初级学院时，为学生加分。
自新加坡开始实施“直通车计划”，有时候也称“综合课程”，允许一些成绩优异的学生参加6年制的课程，跳过普通水准考试(GCE‘O’Level)，而直接在6年教育之后参加高级水准考试(GCE‘A’Level)。
