最高法院为全国最高司法机构，由院长、两名副院长和32名大法官组成，下设宪法、政治行政、选举、民事审判、社会审判和刑事审判六个法庭。
大法官由司法推选委员会推荐，由全国代表大会任命，任期12年，不得连任。院长任期2年，可连选连任一次。
现任最高法院院长路易莎·埃斯特利亚·莫拉莱斯·拉姆尼奥。司法系统还包括总检察署、护民署、刑事调查机构和司法辅助机构。国家总检察长为胡利安·伊萨亚斯·罗德里格斯·迪亚斯（JuliánIsaíasRODRIGUEZDíaz）。总审计长为克洛多斯瓦尔多·鲁西安，护民官为赫尔曼·蒙达拉因。
