2016年2月20日，武汉大学中国科学评价研究中心(RCCSE)、中国教育质量评价中心联合中国科教评价网隆重推出《2016年中国大学及学科专业评价咨询报告》。这是RCCSE连续第13次发布中国大学及学科专业评价结果。
本次大学评价的院校对象为国内具有普通高等教育招生资格的院校(不含军事类院校和港澳台地区高校)，总计达到2552所，其中含945所普通本科院校(包括135所重点大学，662所一般大学，148所民办本科院校)、271所独立学院、1336所高职高专院校(包括308所民办高职高专)。本次评价的专业对象共有495个本科专业。共获得602个榜单。
2016-2017年乌鲁木齐(新疆)的大学排名
| 1 | 新疆大学 | 新疆 |
| 2 | 石河子大学 | 新疆 |
| 3 | 新疆医科大学 | 新疆 |
| 4 | 新疆师范大学 | 新疆 |
| 5 | 新疆农业大学 | 新疆 |
| 6 | 新疆财经大学 | 新疆 |
| 7 | 伊犁师范学院 | 新疆 |
| 8 | 塔里木大学 | 新疆 |
| 9 | 喀什大学 | 新疆 |
| 10 | 昌吉学院 | 新疆 |
| 11 | 新疆工程学院 | 新疆 |
| 12 | 新疆艺术学院 | 新疆 |
| 12 | 新疆警察学院 | 新疆 |