马来半岛地势北高南低。中部是山脉，山脉东西两侧逐渐降低，沿海是平原。8条大体平行的山脉呈西北至东南走向，纵贯马来半岛。其中以吉保山脉(又称中央山脉)为主，有5座海拔2000米以上的高峰耸立其上。东部的大汉山海拔约2190米，是西马的最高峰。这里蕴藏着极为丰富的锡矿资源，据称这里是世界上锡的最大成矿带。锡矿的开采是马来西亚最早期的工业之一，在国民经济生产中曾居极为重要的地位。很长一段时间，锡的产量雄居世界第一位，最高年产量曾达768万吨，是最大的锡出口国，被誉为“锡的王国”。如今“锡的王国”的称号已成为历史。近年来，马来西亚的锡矿业一直在走下坡路，由最大的锡出口国，变成了锡的进口国。据报道1991年的锡产量是207万吨，1993年下降到104万吨，1995年又下降到6402吨，1996年为5174吨，到了1997年则为5070吨，而马来西亚本国的锡需求量为6586吨，供不应求，还需进口一些。自1993年起，锡的价格在节节下跌，这也是马来西亚锡矿下滑的主要原因之一。至此，马来西亚已步出世界主要锡生产国的行列。不少昔日的采矿场已变成废矿湖，有的已被开发建设成为休闲游乐场所，有的仍弃置那里无人问津。
西部沿海是深厚的冲积平原，地势低平，土壤肥沃，地下水位高，是主要的农作物产区。全境河流以吉保山脉为分水岭，分别向东西两侧流入太平洋和印度洋。
西侧河流又称为马六甲海峡水系，以霹雳河为最长，约350公里，流域面积15万平方公里。东南亚最大的明歌水坝和历史较长的珍德罗水坝就建在该河上游。东侧河流又称南海水系，以彭亨河为最长，它是西马最大的河流，全长434公里，流域面积29万平方公里。
东马地势以伊班山脉和克罗克山脉为中心，从内地往沿海逐渐降低。沙捞越地区北部是冲积平原，内地多是森林覆盖的丘陵和山地。伊班山脉位于沙捞越东部，山峰多在海拔2000米左右。沙巴地区西部沿海为冲积平原，是重要的农业区，主要种植水稻。内地大多是森林覆盖的山地。西部的克罗克山脉纵贯该区南北，其主峰基纳巴卢山海拔4,101米，是马来西亚最高峰，也是东南亚最高峰。
东马河流非常多，水深量大，极具通航价值。主要河流有沙巴境内第一大河基纳巴甘河，长560公里，流域面积一万多平方公里，河口宽960米，水深10米，可通航距离为320公里。此外，还有卢帕河、拉让河、巴兰河等。其中，卢帕河是马来西亚最宽的河流，河口以上50公里一段，河面宽度达4～5公里，再向上溯20公里，还可以行驶吃水2米深的轮船。拉让河是马来西亚第一大河，全长592公里，流域面积39万平方公里，该河最显著的特征是支流多而长，特别是在下游，岔流如网，有4个较大的河口，海潮能倒灌60公里之远，其景甚为壮观。
