此次教育活动最早可追溯到1999年。在组织系统一次会议上，重庆市委组织部一位官员认为，一些共产党员理想信念发生了动摇，甚至对党的前景不乐观，问题严重。他的依据来自重庆市一份调查报告。中央组织部认为此事非同小可，向中央领导人作了汇报。
2000年，中央组织部按照江泽民同志、胡锦涛同志的重要批示，组织了全国30万名党员思想状况调查。针对调查中发现的部分党员存在的理想信念动摇、宗旨观念淡薄、组织纪律涣散等突出问题，提出了在党内开展一次保持共产党员先进性教育活动的建议。2003年1月，中央政治局常委会议和中央党建工作领导小组会议研究通过了“保持党员先进性教育”试点工作方案。同年2月22日，中组部召开保持共产党员先进性教育活动试点工作座谈会，开始进行为期大半年的试点工作。19个试点单位涉及12个省市、7个中央和国家机关部门，共有5.2万个基层党组织、103.5万名党员参加。我省在东莞市进行了非公有制经济组织流动党员中保持共产党员先进性教育活动试点。党的十六届四中全会再次对在全党开展这一教育活动进行了部署。2004年10月21日，中央正式作出决定，从2005年1月开始，在全党分三批开展这一教育活动。至此，酝酿5年之久的保持共产党员先进性教育活动正式启动。