首先，保障农民的物质利益和民主权利，是深化农村改革的出发点和落脚点。调动农民的积极性，核心是保障农民的物质利益，尊重农民的民主权利。改革实践表明，实行家庭承包经营制度较好地解决了农民的生产决策和物质利益问题，从而极大地调动了农民的主动性、积极性和创造性，有力地促进了农业和农村经济发展。农业政策改革也提供了同样的证据。例如，2000-2003年，由于农民税费负担过重，生产成本过高，农民的种粮积极性受到严重影响。到2003年，粮食总产量跌到8613亿斤。2004年和2005年实行的 两减免、三补贴 政策，使农民得到了直接的好处，两年间粮食增产1000多亿斤。近年来，农村教育、卫生事业和村民自治等改革，也激发了农民从事新农村建设的热情。因此，经济上保证农民的物质利益，政治上保障农民的民主权利，是农村改革在任何时候都必须始终遵循的一条基本原则。
其次，充分尊重农民的首创精神，依靠农民群众的力量推进社会主义新农村建设。农民是农业和农村发展的主体，也是最富于创造性的力量。改革开放以来，包产到户和乡镇企业，这两个新事物都是农民的伟大创造，对我国农业和农村的发展起到了关键性的作用。农民所具有的首创精神还表现在借助于市场的劳动力流动，不仅打破了城乡的藩篱，而且为城市经济和国民经济发展作出了重要贡献。在建设社会主义新农村过程中，要继续尊重农民的首创精神，发挥农民群众的主动性、积极性和创造性，这是新农村建设能否取得进展的决定性因素。
此外，坚持市场化改革取向，为农业和农村经济发展注入新的动力和活力。建立社会主义市场经济的目标一直是贯穿中国农村改革的一条主线。在这个过程中，农村基本经营制度改革、农产品市场流通体制改革、农村金融和财税等体制改革、国家宏观调控体制改革等，都是紧紧围绕建设社会主义市场经济的目标来进行设计和实施的。通过农村土地制度改革，实行土地集体所有、家庭承包经营，使用权与所有权分离，基本上建立统分结合的双层经营体制，理顺了农村最基本的生产关系，确立了农户自主经营的市场主体地位。通过改革农产品流通体制，形成了在国家宏观调控下，市场机制对资源配置发挥基础性作用。农村改革的一系列措施，把农业和农村发展转入社会主义市场经济的轨道，为农村经济发展注入了新的动力和活力。
最后，根据不同阶段农业和农村发展要求，循序渐进地推进农村改革和建设事业。农业和农村发展的阶段性变化表明，在不同的发展阶段农业和农村发展所面临的主要矛盾和问题有其特殊性。因此，需要根据不同阶段农业和农村发展的要求进行改革，这也是中国渐进式改革方式的突出特征。从农村改革突破到建立市场经济和推进新农村建设，中国的改革在各个阶段上虽然重点不同，但都依次递进、一脉相承。从宏观层面看，也是如此。中国首先启动农村改革，以农村的改革和发展推动城市改革，又以城市的改革和发展支持农村，走出了一条有中国特色的现代化建设之路。目前，我国农业和农村发展进入了一个新的阶段。这个阶段的目标是要建设全面小康的社会和社会主义新农村。在新的发展水平和发展环境下，由于农业和农村发展已与城市经济、国民经济的发展紧密地交织在一起，因此，就需要从全局的高度，坚持统筹城乡经济社会发展的方略，实行工业反哺农业、城市支持农村的方针，解决新的发展阶段下的 三农 问题。
随着我国工农关系、城乡关系进入 工业反哺农业、城市支持农村 的阶段，今后的农业和农村发展将与工业化、城市化、市场化和全球化的趋势紧密地交织在一起。在这种新形势下，如何看待和采取什么样的途径来解决 三农 问题，将直接影响着今后中国农业和农村的长期发展，关系到新农村建设和城乡统筹的方向。
如果说发达国家工业化进程中工农之间和城乡之间有着从工业化早期的农业支持工业、为工业提供积累，过渡到工业化中后期的工业反哺农业、城市支持农村转变趋向的话，那么，这种转变在很大程度上也反映了政府调整国民收入分配格局的干预行为，旨在协调工农关系和城乡关系，追求和实现平衡增长与发展。那么，中国在统筹城乡发展的过程中，就需要对 三农 问题产生的根源及其挑战有一个深刻的认识和把握。
我们可以从三个层次观察中国的 三农 问题：第一个层次是 三农 问题本身，即农业、农村和农民问题，我们将其局限在 农 字上来看农业、农村和农民到底出了什么问题，面临什么挑战；第二个层次是 三农 问题与非农产业、非农地域，以及与整个国民经济、社会发展的关系，即要在工业化、城镇化的背景下来看 三农 问题；第三个层次是要考虑中国农业与世界农业的关系，中国农村与世界市场的关系，中国农民与世界上其它国家农民的关系，即要在全球化背景下来谈 三农 问题。
从经济学角度看，随着农业生产率的提高和人均收入水平的提高，在恩格尔消费定律的作用下，农业份额下降是一个不以人的意志为转移的客观规律，这也是理解 三农 问题的核心。改革以来，中国农业的产值份额在不断下降，从27.9%下降到目前的11.8%。随着城市化和工业化的发展，农业份额将会进一步下降。这是所有发达国家和地区现代化过程的共同经历。例如，今天日本的农业产值只占GDP的1.3%（2004），韩国只占3.2%（2004），我国台湾地区只占2%（2002）。在发达国家和地区的现代化过程中，伴随着农业产出份额的下降、农业就业份额下降，非农就业比例上升，工业化发展还带来城市化水平上升，这些都是同步发生的。这种由经济发展所带来的社会经济结构的同步变化，也被称之为结构转换规律。
由于我国城乡二元经济社会结构和户籍制度改革滞后等因素的制约，尽管农业份额随着经济增长比例不断下降，但是农业就业比例和城市化水平并没有出现同步变化。大量人口仍然滞留在农村，从事农业生产活动，农业劳动生产率不可能有较快的提高，城乡差距随之产生，这也是造成 三农 问题的根源所在。
一些发达国家和地区在经济发展过程中并没有出现所谓的 三农 问题。对它们而言，在经济发展过程中出现的主要是农业问题，也就是农产品供求问题。而且随着收入水平的提高，农业的比较优势不断丧失，是发达国家所面临的共同问题。中国是一个可耕地和水资源都非常稀缺的国家，而大宗农产品的生产，如粮食、棉花等都是土地密集型和消耗水资源较多的产品。相比之下，并不具有国际竞争优势；相反，蔬菜、园艺、花卉等经济作物多是劳动密集型产品，则具有国际竞争优势。由于这些产品还具有较高的收入弹性和需求弹性，因此，具有广阔的国际市场空间。在后WTO的全球化时代，中国农业发展需要通过发挥其比较优势来提高自身的竞争能力。
随着农业产值比重和农业就业比重的进一步下降，中国未来农业的发展方式也将会发生根本性的变化。这种变化包括采用新的农业生产技术、新的投入和生产装备、新的生产组织方式和销售方式，也就是农业现代化的发展。很显然，提高农业科技的创新能力、深化农业生产和流通体制改革、培养现代新型农民，将是下一步深化农村改革的重要内容，也是发展现代农业、建设新农村的主要任务。
农业就业比重下降意味着非农就业比重上升，也就是工业化和城市化发展，将会把大量农村劳动力转移到非农部门就业。在 三农 问题中，农民问题的核心是农民的收入水平不能得到提高，从而导致消费不足，影响到整个国民经济。随着农业收入不再是推动农民收入增长的主导型力量，非农业收入将逐步成为推动农民收入增长的关键性因素。从本质上讲，农民收入问题是一个就业问题，只有开通城乡之间和城市内部的劳动力市场，才是打开农民收入问题 死结 的钥匙。这样，就需要通过城乡劳动力市场的一体化，解决农民工在就业、社会保障、住房、教育等方面的问题，促进城市化健康发展和城乡协调发展。
从 三农 问题本身看，农村是农业、农民发展的环境和背景，也是 三农 问题的汇合点，是 三农 问题的地理概念的体现。农村经济不繁荣，社会问题多是农村的问题所在。在统筹城乡发展和新农村建设过程中，除了做好城乡公共服务和社会福利均等化等工作外，还应该考虑采取有别于过去的主要关注农业及其竞争力的发展方式，把农村各部门（如农业、制造业、旅游业、信息服务业）的发展作为整体纳入统一的发展内容，提升农村整体的竞争力，促进农村经济的繁荣和社会的和谐稳定。
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