马尼拉大学最初由法律学院、文学院、哲学及语文学院、教育学院及企业管理学院所构成，并于几年内增加了研究所部门、工学院、音乐学会及国际事务学院，使其早期即成为一所具备各种课程提供的综合大学，而本着教育理应是顺应潮流及不断求新进步的理念，其更于80年代加入了观光事业、饭店及餐饮管理、计算器科技等课程；在90年代，马尼拉大学更规划了教育博士、公共行政管理博士及企管硕士等课程，为企业及政府部门之高阶主管提供了进一步学习之管道。
八十年来，马尼拉大学提供了菲律宾及亚洲的年轻人第二个家，这个家透过品性教育给予他们更好的环境去学习未来工作的技能，正如马尼拉大学的口号一样「对优秀的学术完全的投入」，是对教育事业希望的重申及信念的再造。
马尼拉大学企业管理学院于公元1992年建立，它的主要目标有四点：
·训练培养未来的企业领导者及行政人员，使其作好准备并具有处理商业及工业等各种有关于经济事务的能力。
·帮助稳定国家经济。
·使学生具备必要的知识并熟练精通于总体经济学，练习如何成为一个有效率的企业管理领导者。
·开发学生对面临企业问题时所需的分析组织及独立判断之能力。
因为意识到国家的发展取决于经济，而在国家发展初期又常会欠缺企业及经济人才，所以马尼拉大学企业管理学院长久来一直极力于培养对经济发展有贡献的企业管理人才，其主要的课程领域如下：会计学、银行及金融、管理、销售及经济学，期能透过如此的教育来帮助国家的经济发展。
在工业和商业快速成长的国家，企业内部每日面临许多杂务工作等待秘书处理，有鉴于此，马尼拉大学在公元1962年开办了秘书教育课程，并于日后纳入企业管理学院。用现代商业机器设备，提供了未来办公室秘书人员所需的完整训练。在时代潮流驱使之下，这所学院更进而提供计算器教学课程来充实秘书的本质学能。
马尼拉大学教育学院于公元1923年建立：
它的主要目标在于提供学生不断的学习并研发教导更好的教学方法，指导如何用广泛的声音及视觉工具来帮助这些教学课程，所以它不断的派遣教师人员赴国外考察，学习新的教学技术并将其带入此学院加以发扬光大，希望让此学院之学生皆能成为一个顶尖之教育学者。
马尼拉大学教育学院目前在大学部所提供的学位课程有英文教育学士、菲律宾语教育学士、数学教育学士、科学教育学士、心理谘商及指导教育学士、计算器科学教育学士及图书馆科学教育学士等。这些教育教学课程除了对学生个人和社会的生活文化之改进有所好处以外；更着重强调于教导学生如何具备教师应有的教育、文化和社会能力。
对于本身已经在教育专业领域工作之教职人员而言，马尼拉大学教育学院更提供多种课程让其能在工作岗位上进一步的学习并取得学位，举凡教育博士、管理教育硕士、心理谘商及指导教育硕士等，皆是有志于从事教育工作者不错的学习课程。
马尼拉大学工学院于公元1945年：
第二次世界大战结束四个月后建立，由于第二次大战对国家的整体建设造成相当大的破坏，所以急需一群高级工业工程人才来参与战后国家工业重建工作，以带动国家的经济发展，所以马尼拉大学有鉴于此，立即配合国家政策需要，邀集相关教育学者及工程师来开办工学院，目的乃在透过这些专业教育课程，训练出具有知识学养及技能之工程师。
马尼拉大学工学院之教学目标，是以培养一个具有专业知识且可塑性高的工业科技人才为主，课程设计以配合时代科技与经济发展、提升产业生产力与竞争力为宗旨，并规划有许多整合性的学程。在教学与研究重点上，强调结合先进之工程技术和管理知识，理论与实务并重，重视各专业领域之整合与合作，并配合工业及经济发展需要，进行高科技之研究开发，以提高产业之技术与质量。
马尼拉大学工学院除了看重工业教育课程外，尚强调「信息化」、「自动化」及「人性化」等方面的专长训练，在生活上辅导学生养成热诚、敬业、负责与团队观念进而启发其领导能力，以培养具有国际观、创新思维及规划决策能力之工业领导与管理人才。
马尼拉大学国际事务学院于公元1946年建立，是菲律宾国家第一个成立的国际事务学院，它的主要目标有三点：
·给予未来有志从事于外交国际事务的学生适当及完整的课程训练，进而培养其成为杰出之外交主管及行政人员。
·教导学生必要的外交知识并熟练国际礼仪，以具备处理国际事务的能力。
·训练培养商业机构、国家机关、大众传播机构、银行机关及综合大学所需之外交人才。
马尼拉大学国际事务学院相信好的外交手腕对国家世界的和平及人类的进步发展有相当大的决定因素，所以它不断的教导灌输学生这个信念。在课程上除了重视基本的外交及国际事务技能之学习，训练学生相关礼节及个性的发展，更着重于外交及国际事务相关经验及专业的传承教授，期待学生在进入各公私立机关后，皆能本此信念在其岗位为全体人类之福祉共同奋斗。
五十年来，马尼拉大学国际事务学院不仅培育出多位外交国际事务教学与研究人才、投身于各学术机构的教育工作，更陶养出实际的外交国际事务参与者、以及无数在各行各业有突出表现的工作者，老师与学生的表现，有目共睹。