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十二生肖源于何时，今已难于细考。长期以来，不少人将《论衡》视为最早记载十二生肖的文献。《论衡》是东汉唯物主义思想家王充的名著。《论衡·物势》载："寅，木也，其禽，虎也。戌，土也，其禽，犬也。……午，马也。子，鼠刀。酉，鸡也。卯，兔也。……亥，豕也。未，羊也。丑，牛也。……巳，蛇也。申，猴也。"以上引文，只有十一种生肖，所缺者为龙。该书《言毒篇》又说："辰为龙，巳为蛇，辰、巳之位在东南。这样，十二生肖便齐全了，十二地支与十二生肖的配属如此完整，且与现今相同。
生肖为何取数十二?
《周礼·春官·冯相氏》载:"掌十有二岁，十有二月，十有二辰，十日，二十八星之位，辨其叙事，以会天位。"时 间的分割以十二累进，一纪十二年，一年十二个月，一日十二时辰。《国语·晋语四》载："黄帝之子二十五宗，其得姓者十四人，为十二姓。"甚至天子妻妾也有"十二女"之说，《后汉书· 荀爽传》："故天子娶十二妇，天之数也;诸侯以下各有等差，事之降也。"
近年,在神农架地区发现了汉族创世史诗《黑暗传》。其中有一个讲述干支来历的故事："开天辟地之初，玄黄骑着混沌兽遨游，遇到女娲。女娲身边有两个肉包，大肉包里有十个男子，小肉包里有十二个女子。玄黄说："这是天干革命地支神，来治理乾坤的。"于是，为他们分别取名，配夫妻，成阴阳。男的统称天干，女的则为地支。"这一创世神话故事，讲干支，讲玄黄神、女娲神，讲乾坤阴阳，将干支的"身世"推溯得十分久远。
天乾地坤，古代历来以天为主、地为从。十天干又叫十母，对应的十二地支则别称十二子。汉代蔡邕《月令章句》："大桡采五行之情，占斗纲所建，于是始作甲乙以名日，谓之干;作子丑以名月，谓之支。干支相配，以成六旬"。大桡是黄帝时代的大臣，这里的配成六旬，即六十甲子，取了天干十和地支十二的最小公倍数。干与支按顺序相配合，由甲子乙丑……一直排至癸亥为第六十对，正好干、支均用最末一位，再排便是重由甲子开始，这一循环称为一个甲子。其中，每个天干出现六次，每个地支出现五次。
十二生肖的产生，有着天文学的背景。在原始时代，先民们体验着寒暑交替的循环往复。宋代洪皓《松漠纪闻》载："女真旧绝小，正朔所不及，其民皆不知纪年，问则曰"我见青草几度矣"，盖以草一青为一岁也。"宋代孟珙《蒙鞑备录》也记："其俗每草青为一岁，有人问其岁，则曰几草矣。"年又有观天者发现月亮盈亏周期可以用来丈量岁的长短，发现十二次月圆为一岁，这一发现，是初期历法最精度的成果之一，"十二"便视为传达天意的"天之大数"。天干需地支为伴，日月相对，天地相对，就非"十二"莫属了。
子鼠丑牛……戌狗亥猪。天下动物很多，古人为何选择了这十二种动物为属相?
清代刘献《广阳杂记》引李长卿《松霞馆赘言》："子何以属鼠也?曰：天开于子，不耗则其气不开。鼠，耗虫也。于是夜尚未央，正鼠得令之候，故子属鼠。地辟于丑，而牛则开地之物也，故丑属牛。人生于寅，有生则有杀。杀人者，虎也，又寅者，畏也。可畏莫若虎，故寅属虎。犯者，日出之候。日本离体，而中含太阴玉兔之精，故犯属兔。辰者，三月之卦，正群龙行雨之时，故辰属龙。巳者，四月之卦，于时草茂，而蛇得其所。又，巳时蛇不上道，故属蛇。午者，阳极而一阴...
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